Efetuar a "Ciência da Operação" de forma manual por nota.
1º Abra a página do Monitor de Notas e clique no icone ≡
do lado esquerdo da chave da nota que desejar efetuar a "Ciência da Operação"
2º Clique em Ciência da Operação
3º Clique em Sim
4º Se a "Ciência da Operação" for efetuada com sucesso irá aparecer uma mensagem como na imagem abaxio, depois clique em OK
5º Clique no icone

para verificar as notas da empresa desejada.
As vezes a fazenda pode demora a disponibilizar os xmls para download.